Traditionen att blanda choklad och chili är gammal. Det finns arkeologiska bevis på denna tradition daterad så långt tillbaka som till år 595. Chili blandat med kakaobönor har hittats i Carén i El Salvador. Arkeologerna måste ha blivit förvånade då de i stora krukor hittade stora mängder chili blandat med kakaobönor.  

Aztekernas kärlek till chili och choklad finns väl dokumenterad. År 1529 upptäckte en spansk munk bosatt i Nueva España (nuvarande Mexiko) att aztekerna tillsatte het röd eller gul chili till deras varma choklad som de sedan använde i nästa alla rätter de tillagande. Munken, vid namn Bernardino de Sahagn, blev så farcinerad av detta att han började studera tidigare kulturers matvanor i området. Resultatet av denna studie finns med i hans klassiska verk "Historia General de las Cosas de la Nueva Espana". I hans verk konstaterar han att det var Aztekerna som älskade chili mest och att det i antikens mexiko på marknadsplatserna fanns ett överflöd av chili i alla tänkabara former.
 
I boken "The Conquest of New Spain", skriven av Hernan Cortes, står nämnt att den store Montezuma tyckte om sin varma choklad kryddad med vanilj, honung samt chili.
Det finns en legend som handlar om nunnorna i klostret Santa Rosa i staden Puebla under 1500-talet. Ärkebiskopen skulle komma på besök och nunnorna var oroliga att dom inte hade någon mat som var fin nog att servera biskopen. Deras lösning var att be till gud och den ena nunnan fick under bönen en vision. Hon bad alla i klosteret att bege sig till köket och att de skulle hacka och mala allt ätbart de kunde hitta. Blandningen kom att bestå av chili,  tomat, nötter, socker, banan, russin, vitlök, avokado och en mängd olika örter, slutligen tillsattes den magiska ingrediensen choklad. Nunnorna slakade deras enda kalkon och serverade biskopen denna tillsammans med blandningen. Biskopen tyckte att det var den mest delikata rätten han någonsin smakat.
Trots att chilin kom till europa med Columbus efter hans andra resa 1496 så tog det längre tid för chokladen. En grupp domenikanska munkar, ledda av Bartolomé de las Casas, besökte 1544 det spanska hovet. Med sig hade de bland annat olika typer av chili samt choklad. Detta tycks vara chokladens introduktion i europa. Enligt flera historiska dokument så blev chokladen snabbt populär. Den första kommersiella importen av choklad gick från Veracruz till Seville 1585.
1644 publicerades Antonio Colmenero de Ledesma i sin bok "A Curious Treatise of the Nature and Quality of Chocolate" det första receptet på chokladdryck i spanien. Receptet innehöll chili.
 
Indredienserna var:
• 100 kakao bönor
• 2 chilifrukter
• En handfull anis
• "Ear flower" (vad det nu är för något)
• 1 vaniljstång
• 50 gram kanel
• 12 hasselnötter
• 200 gram socker

Idag tillverkas choklad med chili av en mängd företag. Leysieffer tillverkar "Weisse Schokolade mit Chili" (vit choklad med chili). Leysieffer är en tillverkare av fin choklad och finns lokalisersad i Osnabrück i tyskland.  Chili Traum (Chile Dröm) är mörk chokladtryffel med chili som tillverkas av hamburgs mest välkända konditor Adolf Andersen.